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发布时间:2022-03-22 04:34:00 作者:立博泰业
RPA技术的基本原理
RPA技术主要依赖于三种酶:能结合单链核酸(寡核苷酸引物)的重组酶、单链DNA结合蛋白(SSB)和链置换DNA聚合酶。这三种酶的混合物在常温下也有活性,反应温度在37°C左右。
重组酶与引物结合形成的蛋白-DNA复合物,能在双链DNA中寻找同源序列。一旦引物定位了同源序列,就会发生链交换反应形成并启动DNA合成,对模板上的目标区域进行指数式扩增。被替换的DNA链与SSB结合,防止进一步替换。在这个体系中,由两个相对的引物起始一个合成事件。整个过程进行得非常快,一般可在十分钟之内获得可检出水平的扩增产物。RPA扩增的基础体系(TwistAmp? Basic)含有DNA扩增所需的所有试剂,我们只要准备好引物和模板就行。扩增结果可以通过凝胶电泳进行终点检测,产物纯化后可用于下游研究。
在这个基础体系中添入不同的酶和探针,就可以实现多样化的RPA应用。举例来说,TwistAmp? exo结合了的exo探针技术和核酸外切酶III,能实现数据的实时读取,就像荧光定量PCR一样。不过反应终点的扩增子总量有所减少,适合获得强荧光信号进行动力学分析,不适合终点检测(比如跑胶)。将exo探针技术、核酸外切酶III和逆转录酶结合起来,可以一步实现RNA模板的实时扩增。
TwistDx试剂盒
我国主要的几种检测试剂盒都是基于RT-PCR原理。因为需要检测的病毒样本浓度有高有低,高的容易检测,低浓度就会漏掉。所以PCR的方法就把病毒基因扩增很多倍,达到可以检测出来的浓度。基本操作如下:
01 收集咽拭子等病毒样本,通过试剂打碎保护病毒的蛋白质壳子,萃取病毒RNA。一方面是萃取,另一反面,打碎之后就没有了性,相对安全一些。
02 由于这次新冠是单链RNA病毒,所以要先转换成cDNA。这个可以类比像是视频文件,mp4,rmvb,avi这些都是常见格式,同一个视频不同格式,意思都一样,可以互相转换。
03 常规PCR反应,加热到94℃把DNA拉链拉开,之后再55℃-60℃让引物,就是拉链扣分别套在两条拉链上,再升温到72℃让拉链自己,用左拉链做模板造一个右拉链,用右拉链做模板造一个左拉链。这样折腾一次为一个循环,RNA数量翻一倍。之后再折腾25-30次。这样就算很少量的病毒这个时候也显现出来了。
体外核酸扩增(NAA),遗传物质的人工,已经渗透到生命科学和生物技术的所有领域,如病原体检测、研究、、测序、基因工程、合成生物学、基因分型、诱变、法医鉴定、发现、分子考古学、食品检测、健康和生活方式检测等。这场性革命始于 Kary Mullis 于 1983 年发明的聚合酶链反应 (PCR)。通过提供有利于核酸过程(链变性、引物退火和酶促延伸)的连续温度,在体外将单个核酸分子到数十亿个拷贝。
RPA 于 2006 年由 ASM Scientific Ltd(英国剑桥,由 Wellcome Trust Sanger Institute 创立)的 Niall Armes 推出。虽然RPA在等温核酸扩增技术中还没有占据很大的市场份额(根据Grand View Research报告的数据,图1A),但它正在经历着快速的发展。迄今为止,已经发表了 250 多篇有关 RPA 的出版物,并且在过去六年中 RPA 的文献数量一直在增加;值得注意的是,RPA 文献数量从 2014 年开始呈指数增长。
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