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TwistDx仪器

RPA 在恒定的低温（37～42 °C 适宜）下运行。对于某些应用，如果需要，即便体温也可支持 RPA 扩增。该反应在偏离温度及低温设置下也表现稳健，即使在常规室温 25 °C 下也将奏效，虽然反应速度会下降; 在此温度下，只要此生物化学过程被正确配置，仍可在一小时内获得结果。

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RPA 对样本类型的要求宽松，有时可直接检测未经核酸纯化的原始样本，例如血液、鼻拭子或培养基。通常，只需采用基本的病原体裂解方法处理样本以释放核酸即可，例如热处理或弱碱处理。每种检测所需的合适的样本制备方法取决于病原体滴定度、是否存在以及裂解要求等因素，并将需要设计到检测程序中。RPA 对某些复合样本类型的宽容性使该技术非常适合广泛的现场实地应用。

宏基因组分析首先发现Bacteroides和Prevotella是所有受试者和健康对照中变化大的菌。进一步的研究还确定了与CRC关联的新物种，其中Colinsella aerofaciens,Dorealongicatena,Porphyro-monasuenonis和Streptococcus anginosus等在III/IV中显著升高。代谢组分析发现，大肠中主要能源物质丙酸盐和丁酸盐是含量高的两种代谢物，二氢尿和尿素也存在较大差异。与健康对照组相比，MP中DCA(脱氧胆酸盐)浓度显著升高；SO中甘氨胆酸盐和牛磺胆酸盐浓度显著升高；支链氨基酸，苯丙氨酸，酪氨酸，甘氨酸，丝氨酸浓度也升高。

基于KEGG数据库筛选出1243个同源基因(KO基因）在至少一个阶段显著升高，96个KO基因在至少一个阶段显著降低。在差异显著的通路中，芳香族氨基酸代谢和产硫化物的通路与CRC相关。参与苯丙氨酸和酪氨酸合成的基因显著升高，其中pheC被确定为区分S0患者和健康对照的得分高标志物。通过构建随机森林和LASSO逻辑回归模型来区分健康对照与SO和SIII/IV。在S0分类中，特征值是包括编码环己二烯基脱水酶的pheC的KO基因；在SIII/IV分类中，特征值为已被确认为CRC标志物的P.micraP.stomatis和 F.nucleatum等口腔。